143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0004 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0076  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000227874  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0023  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.250925  normal  0.248537 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09070  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0246462 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0041  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.83752 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0040  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0048  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0035  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0042  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000540929  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0035  tRNA-Pro  82.89 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877859  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1518  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000134274  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0051  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000201389  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  84 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>