112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0042 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09070  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0246462 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0023  tRNA-Pro  95.31 
 
 		 74 bp  103  5e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.250925  normal  0.248537 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0040  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0019  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0044  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.180839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0046  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0117293  normal  0.0116525 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0092  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11950  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.883276 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36270  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.973598 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0027  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00837628  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0051  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0997799  hitchhiker  0.000248355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0053  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000194568  unclonable  8.89969e-24 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0047  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00017346  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09860  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.513474  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09510  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.500506  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0030  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>