157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0027 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00837628  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0046  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.372739  normal  0.328278 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0011  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0040  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.312824  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0024  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.8382 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt024  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000181735  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0097  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000321345  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1731  hypothetical protein  96.77 
 
 		 534 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.263329  normal  0.0279515 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna13  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0109171  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0573  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0053  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.379391  normal  0.108356 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.226409  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0297  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000682634  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0563  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0062  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.768136  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0065  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.226717 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05971  hypothetical protein  96.55 
 
 		 207 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0437067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0057  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.434776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0039  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0051  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000340535  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000933808  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0035  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877859  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0031  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.942258  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0180  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0024  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.158579  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309096  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 69 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.185  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0044  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0071  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135255  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0015  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000278716  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0037  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0038  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000418206  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0045  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000857544  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0053  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000194568  unclonable  8.89969e-24 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>