81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0047 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00017346  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t40  tRNA-Pro  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000171726  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0019  tRNA-Pro  96.92 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0046  tRNA-Pro  96.92 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000000003033  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0009  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  8e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.00000000000618395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0026  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 73 bp  99.6  8e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.358693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0043  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.025713  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  91.84 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  94.87 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0010  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000189735  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0042  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0041  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.83752 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0042  tRNA-Pro  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.164051  normal  0.792068 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0076  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000227874  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36270  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.973598 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0022  tRNA-Pro  90 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.912815  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0050  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>