297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt16 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0041  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.83752 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0076  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000227874  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  89.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  88.41 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.350456  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0769  hypothetical protein  95 
 
 		 129 bp  63.9  0.000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1685  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.443459  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1470  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1763  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0770  tRNA-Pro  95 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0005  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2042  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000171349  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0022  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.52358e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>