133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0041 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.83752 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0035  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 78 bp  131  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877859  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0026  tRNA-Pro  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.094878  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0076  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000227874  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0021  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0044  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.180839  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0067  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.588797  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0046  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0117293  normal  0.0116525 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09860  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.513474  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0021  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.18962 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0022  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.912815  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13670  tRNA-Pro  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.11068  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0019  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.167902  normal  0.135206 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0053  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00407041  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  85.51 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.350456  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0038  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.418061  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1685  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.443459  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1763  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0013  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.293207  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09070  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0246462 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>