137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_R0038 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0038  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000141075  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0035  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00000571794  hitchhiker  0.0000531069 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0014  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000112048 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0029  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00564676  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.228938  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_637  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0811434  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4592  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0013  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000103511  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0009  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31634  normal  0.278604 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0009  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0009  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0408974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  88.61 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0030  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0086  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0051  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0997799  hitchhiker  0.000248355 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0027  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0527994  normal  0.0630619 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0023  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0030  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000728299  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0052  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000329911  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0036  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.103691  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871205  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0010  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.173573  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 67 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0082796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471615  normal  0.863144 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0053  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.379391  normal  0.108356 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>