90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0053 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0053  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.379391  normal  0.108356 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0010  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.173573  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00000571794  hitchhiker  0.0000531069 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0026  tRNA-Pro  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.094878  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0027  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00837628  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6032  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00194019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0014  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.63357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0037  tRNA-Pro  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0330229  normal  0.370598 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0053  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000194568  unclonable  8.89969e-24 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0031  adenylate/guanylate cyclase  100 
 
 		 1902 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0030  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0534  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.101652  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0038  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000141075  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0063  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000266826  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>