187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0035 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00000571794  hitchhiker  0.0000531069 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0038  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000141075  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0014  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000112048 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0051  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0054  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.190136  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0023  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0029  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00564676  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0027  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0527994  normal  0.0630619 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0016  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000335758  normal  0.0133368 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0053  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.379391  normal  0.108356 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0086  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.173573  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000540929  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0006  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0534  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.101652  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1518  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000134274  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0051  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000201389  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>