45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0037 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0330229  normal  0.370598 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA20  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0493048 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0025  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.692455  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0030    92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0163482  normal  0.16826 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0033  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.923916  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0040  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0040  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.312824  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0024  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.8382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0067  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0014  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.63357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6032  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00194019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0010  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.173573  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0026  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.1113400000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0053  tRNA-Pro  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.379391  normal  0.108356 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2609  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181156  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0014  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.267148 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0019  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.471036  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.719402  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>