118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0011 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.8382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0067  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0011  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0040  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.312824  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0030    90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0163482  normal  0.16826 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0040  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0033  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.923916  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA20  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0493048 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0025  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.692455  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0037  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0330229  normal  0.370598 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0027  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00837628  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0068  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.147043  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t64  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.248641  normal  0.186781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t65  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.247556  normal  0.186781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t66  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.812999  normal  0.190236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t67  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.812999  normal  0.19275 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt16  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt16  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0031  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.61738  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0005  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0180356  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0100237  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00997597  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0174897  normal  0.909079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05971  hypothetical protein  93.55 
 
 		 207 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0437067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0078  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0079  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0080  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0081  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309096  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 69 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.185  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6032  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00194019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.174816  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>