More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0007 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008042  TM1040_R0081  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.681899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0054  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.965262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0068  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.347514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0076  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00786304  normal  0.218816 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0188037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6011  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.991195 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0046  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Met-3  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.390156  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0032  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0335468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0058  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0349408  decreased coverage  0.0094622 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0043  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.343772 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0039  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0049  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0035  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0038  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21039  normal  0.321257 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0007  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0036  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0010  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563126  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-3  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.589398  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-4  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.567742  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-5  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0088  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0025  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0370437  normal  0.116281 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0055  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0026  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0084  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0249486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0019  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0026  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0021    93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.24709  hitchhiker  0.00028661 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0063  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00364456  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0046  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0048  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.459863  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0054  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0060  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0012  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0056  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0027  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0025  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0027  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0057  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0031  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0036  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0024  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0236841  normal  0.117231 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA11  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0045  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0073  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000821998  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0025  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.279282  normal  0.0688605 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t058  tRNA-Met  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0442009  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0022  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0021  tRNA-Met  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.114788  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0053  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.668184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0066  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.508112 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0067  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.51245 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4581  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0046  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0061  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.464968  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0035  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0037  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt12  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1016  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0059  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0045  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0020  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0044  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.801756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4553  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0024  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0068  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.368098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0041  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.485765 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4307  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4351  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4356  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0036  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0009  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0023  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0041  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0633  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.811273  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0062  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0055  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0068  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0060  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.514034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0473  tRNA-Met  93.51 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1580  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0036  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0683362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0059  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0023  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0067  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0015  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0026  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0086  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0087  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1081  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.599791  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0263  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6556  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6553  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>