118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_R0043 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_R0043  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0025    92.11 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.717404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0045  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0024  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0055  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0114669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0093  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140989  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03939  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03940  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.212092  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0050    100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0035  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575749  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0048  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.459863  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0054  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0060  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00010521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.363544  normal  0.0435272 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.74865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0026  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0027  tRNA-Met  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.841138  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.112019  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.279282  normal  0.0688605 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0374183  normal  0.419184 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_R0022  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000664581  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0016  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0676778  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0054  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0424906  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0022  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.136375  normal  0.0369046 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205789  normal  0.0373381 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna34  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.775098  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0022  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000159989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0039  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092174  hitchhiker  0.00180785 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0035  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.84698e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136195  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0068  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0069  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0052  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0858392  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182581 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0056  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0076  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0262196  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0113  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000187631  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14980  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.014365  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>