176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_AR0053 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_AR0053  tRNA-OTHER  100 
 
 		 72 bp  143  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.16241 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0614485  normal  0.169266 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1654  tRNA-OTHER  95.92 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000253877  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0049  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0408586  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0045  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2135  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00369966  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0046  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5662  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000864801  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5690  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.30826e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525379  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  86.27 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  86.27 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  86.27 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>