95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_R0011 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0067  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0024  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.8382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0011  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0040  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.312824  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA20  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0493048 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0030    85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0163482  normal  0.16826 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0025  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.692455  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0033  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.923916  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0040  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0068  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.147043  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0044  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.477154  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0564  tRNA-Trp  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198705  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000106477  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.343772 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.101826  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0335468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000568068  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0076  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0262196  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0056  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182581 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0014  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140989  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0052  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0858392  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0022  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.136375  normal  0.0369046 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0073  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0424906  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0049  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297044  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.101529  hitchhiker  0.00000213655 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.247152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000157655  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000339625  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0063  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.43322  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0062  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0113  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000187631  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.540362  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0027  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0686525  normal  0.260083 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0026  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0368817  normal  0.25242 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14980  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.014365  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.363544  normal  0.0435272 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.279282  normal  0.0688605 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.112019  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0027  tRNA-Met  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.841138  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0026  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.74865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0055  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0114669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00010521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0060  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0054  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0048  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.459863  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0035  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575749  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.212092  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03940  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03939  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0068  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136195  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0035  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.84698e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0039  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092174  hitchhiker  0.00180785 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0029  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0127801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0022  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000159989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna34  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.775098  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205789  normal  0.0373381 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0069  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0016  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.69639  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0054  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0016  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0676778  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0093  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000664581  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0045  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00029215  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0374183  normal  0.419184 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>