More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0054 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0054  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0012  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.112019  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0057  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03939  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03940  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0027  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0686525  normal  0.260083 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5720  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0159176  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-4  tRNA-Met  93.51 
 
 		 80 bp  113  6e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00179817  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0127  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00272429  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0105  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0093247  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-5  tRNA-Met  93.51 
 
 		 80 bp  113  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.996221  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0076  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0262196  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-5  tRNA-Met  93.51 
 
 		 80 bp  113  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000520832  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0056  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0026  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0368817  normal  0.25242 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0064  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.208195 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-6  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00021362  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0010  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00010521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5022  tRNA-Met  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00192595  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0052  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0858392  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4991  tRNA-Met  93.51 
 
 		 79 bp  113  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0113  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000187631  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0078  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000612862  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0042  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0073  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0022  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.136375  normal  0.0369046 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0023  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205789  normal  0.0373381 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0047  tRNA-Met  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0002  tRNA-Met  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0039  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0024  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000157655  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0029  tRNA-Met  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603612  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0019  tRNA-Met  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.904201 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000238456  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0052  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0031  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00169979  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0027  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0920329  hitchhiker  0.000285559 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0020  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0001  tRNA-Met  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.274994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0034  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0062  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0029  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000365135 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0039  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0002  tRNA-Met  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0023  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000339625  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0045  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000608957  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0013  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0557998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0022  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000159989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0030  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00091315  normal  0.388606 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0002  tRNA-Met  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0013  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.105797  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0014  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0016  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0676778  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0043  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0035  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575749  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0023  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.247152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0016  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.69639  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0069  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0029  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0046  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.363544  normal  0.0435272 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0041  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0831228  normal  0.361197 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna34  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.775098  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0068  tRNA-Met  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R15  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0025  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0024  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0236841  normal  0.117231 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0027  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0025  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0370437  normal  0.116281 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0026  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0031  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0036  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0026  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0305546  normal  0.617665 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0046  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0082  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000739583  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0046  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150428  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0081  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000214937  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5465  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.239722  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0040  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.321259 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0057  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000630751  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-4  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt41  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0060  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1857  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2507  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0070  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.770554  normal  0.621408 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0131  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.14207  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0089  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0276092  hitchhiker  0.00000375071 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0059  tRNA-Met  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0034  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.544535 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0047  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.808514  normal  0.115808 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0087  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00788985  hitchhiker  0.000000411108 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0019  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119121  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>