More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0025 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0031  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0037  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0027  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0026  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0370437  normal  0.116281 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0236841  normal  0.117231 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3199t  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.976924  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3201t  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3203t  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3197t  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0033  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0177  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.202779  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4588  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0063  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00364456  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0055  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t53  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.313703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t54  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.243475  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0068  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.516961 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA21  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.929438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA22  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.531556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R21  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.69623  normal  0.0537905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R22  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691198  normal  0.0547786 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0012  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0073  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000821998  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0084  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0249486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0052  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.902877 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0053  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.896198 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0054  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.871356 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0055  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.867908 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0056  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.880459 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0057  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.88568 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t058  tRNA-Met  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0442009  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3204t  tRNA-Met  98.59 
 
 		 74 bp  133  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52320  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.873423 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1572  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1607  tRNA-Met  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.836309 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0085  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0057  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00956422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0080  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  normal  0.0862038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0065  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0014321  hitchhiker  0.000837814 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0089  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0093  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0087  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0061  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00126758  hitchhiker  0.000243294 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0074  tRNA-Met  97.4 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0141721  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0021  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313815 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0099  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.69188  decreased coverage  0.00129939 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0082  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0195288  normal  0.0518693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0066  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.508112 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0086  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.325929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0063  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00314729  hitchhiker  0.000241423 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0067  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00450958  hitchhiker  0.000893697 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0042  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000238456  normal  0.634383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0037  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.306367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0039  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0075  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000125348  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0068  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0098  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.514232  decreased coverage  0.00128262 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0034  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0091  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0087  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0112  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0139915  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0090  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0079  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0080  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0081  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0082  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0064  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0037637  hitchhiker  0.000249048 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0633  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.811273  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0062  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00124144  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0067  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.51245 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0229  tRNA-Met  97.4 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0489  tRNA-Met  97.4 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.107964  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0228  tRNA-Met  97.4 
 
 		 76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.883109  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0059  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00352122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0036  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0018  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.721782  hitchhiker  0.000298186 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0038  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.161096  normal  0.940796 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0058  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00863094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0020  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000296259 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0023  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00031593 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0022  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030404 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0019  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000306016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0077  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852479  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0083  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0208848  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0066  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00171075  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0100  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.925668  decreased coverage  0.00140231 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0107  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0531774  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0092  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0102  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.872773  hitchhiker  0.00341362 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0110  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0138501  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0088  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0108  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0137063  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0101  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.893911  decreased coverage  0.00145589 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t054  tRNA-Met  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00636739  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t052  tRNA-Met  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00629284  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>