More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0050 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.540362  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  143  7e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0043  tRNA-Met  98.59 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0056  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt41  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0076  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0262196  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0010  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000563126  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0113  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000187631  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0073  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0042  tRNA-Met  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0012  tRNA-Met  98.59 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000664581  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0047  tRNA-Met  97.18 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0027  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0686525  normal  0.260083 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03939  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03940  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5667  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5675  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000376256  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5699  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000350684  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5720  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0159176  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0282  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5678  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.015213  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0052  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0858392  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0024  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000157655  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-2  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0182265  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-4  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00179817  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Met-7  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-3  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00436106  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-4  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-5  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.996221  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Met-6  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00001255  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-2  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0383767  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-3  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000267735  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-5  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000520832  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Met-8  tRNA-Met  95.83 
 
 		 80 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5022  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00192595  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0023  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205789  normal  0.0373381 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0034  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0131764 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0031  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0080  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00406069  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-2  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.527253  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-4  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000768608  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Met-6  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00021362  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0048  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.459863  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0054  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0060  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0010  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00010521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0043  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.399945  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0069  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0306  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0022  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.136375  normal  0.0369046 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5710  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000091391  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5667  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000879492  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0865  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000813952  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5807  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00231597  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0529  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.1797900000000004e-29 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4773  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000665438  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5737  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000112746  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0604  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000969852  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0068  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0026  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0368817  normal  0.25242 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4991  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0023  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000339625  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0790  tRNA-Met  95.83 
 
 		 79 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.3991e-32 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0057  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0078  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000612862  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0105  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0093247  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0127  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00272429  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0025  tRNA-Met  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.279282  normal  0.0688605 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna34  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.775098  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0016  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.69639  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0068  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0383  tRNA-Met  95.77 
 
 		 79 bp  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.105776  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0035  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575749  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0014  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0023  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.247152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0046  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.363544  normal  0.0435272 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0008  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100905  hitchhiker  0.00491713 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0016  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0676778  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0069  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0041  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0831228  normal  0.361197 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00052  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0017  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.687744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0018  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5064  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.133339  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0034  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0009  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0023  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0041  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0045  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00820009  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0088  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4212  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.353774  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4213  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.355481  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4214  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.426963  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4276  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000119762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>