141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0042 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0042  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.354382  normal  0.128638 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0022  tRNA-Pro  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.099872 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0030  tRNA-Pro  97.44 
 
 		 78 bp  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.249196  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0018  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0044  tRNA-Pro  98.04 
 
 		 78 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.142801  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0018  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0768542  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0027  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000011857  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19520  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00000755205  hitchhiker  0.000000818157 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.39 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.228938  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0049  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098355  normal  0.904271 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0013  tRNA-Pro  89.39 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000103511  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_637  tRNA-Pro  89.39 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0811434  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000540929  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00236  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000448409  normal  0.197612 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-5  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110378  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0048  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0424708  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3525  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.824024  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1138  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0005  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.3872  normal  0.797255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0069  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0515498  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0049  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.27479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0005  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494404  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0022  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372763  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0021  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673649  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0047  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0010  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0324459 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0004  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.640257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0448  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0052  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0227827 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0031  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0236365 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1307  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.724115  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3492  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3528  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.561103  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3256  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1518  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000134274  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0051  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000201389  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0004  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0087  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13531  normal  0.263782 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0064  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000117947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0022  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000997774  normal  0.0266859 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0051  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000728267 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0022  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810765  normal  0.522992 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0038  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0065  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0071534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0049  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00324423  hitchhiker  0.00377548 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0040  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0042  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0325324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0030  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000217063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0025  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2817  hypothetical protein  93.33 
 
 		 1494 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.292015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0022  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00244693  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0034  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000537169  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.630554  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0027  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0527994  normal  0.0630619 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0023  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0022  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00422535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0032  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0029  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00564676  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0045  tRNA-Pro  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0890762  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0282  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000340373  hitchhiker  0.0000247007 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0031  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1688  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0559093  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0491  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000930823  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t037  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0057  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0035  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.211477  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0105  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00814632  normal  0.0357368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0105  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111925  hitchhiker  0.000305013 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0048  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0197037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0102  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0499397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0055  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000197374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0055  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0049  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00129722  normal  0.854423 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0065  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0874306  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0071  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000476291  normal  0.709979 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0075  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0048  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t067  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066415 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>