140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_R0029 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_R0029  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0021  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  96.08 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0007  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0022  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.912815  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  86.96 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0050  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0010  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000189735  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0024  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00967151  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0042  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.164051  normal  0.792068 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  86.15 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0051  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0856263  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  85.33 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0039  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.122953 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0048  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0026  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.094878  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  86.15 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0027  tRNA-Gly  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  84.75 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>