212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0030 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0038  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0046  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.426142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0042  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0044  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.462611  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0031  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0013  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1236  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1195  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0031  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0033  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.335539  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0017  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0187  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0033  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0033  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0257046  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0040  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0031  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.250775 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0029  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>