48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_R0039 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.198088  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.335788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.364679  normal  0.784144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA46  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0032  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.191014  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0029    98.15 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.189248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0624  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00406719  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0022  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00187223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4297  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.801361  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0016  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.448611  normal  0.584402 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0053  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0280094  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000245079  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0955  tRNA-Arg  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0134122  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0027  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.103485  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0039  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268211  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>