88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_R0032 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0026  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.198088  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0041  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.335788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0039  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.364679  normal  0.784144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA46  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0032  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.191014  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0029    100 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.189248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0053  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0280094  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA31  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.216391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.006627  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0011  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0624  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00406719  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000245079  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00400024  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000884624  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0955  tRNA-Arg  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0134122  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>