106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0046 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.426142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0031  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.250775 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0042  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0038  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0044  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.462611  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0013  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0040  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0042  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.284385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0045  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.350958 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000206186  hitchhiker  0.00000000390519 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0050  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.130666  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00323703  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt027  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.826949  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0001  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309188  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.451708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309364  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0006  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0581  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.162856  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0476936  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0004  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0201744  hitchhiker  0.000641347 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1291  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0077  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0929  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0164409  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0009  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0005  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000374311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0042  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0069  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14016  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0050  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.385714  normal  0.536973 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2639  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.993285  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1010  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1126  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0253785  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1133  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.168397  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0137  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0017  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.034948 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0069  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0069  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0063  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.17064 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>