144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0035 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  98.65 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  97.4 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4572  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0033  tRNA-Met  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01505  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.946328  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt025  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000274648  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0832  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0740  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0622  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1521  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1714  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.199477  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2524  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2383  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0374  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_R0078  tRNA-Met  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.105047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0043  tRNA-Met  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.22018 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0023  tRNA-Asn  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.909867  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0025  tRNA-Asn  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00179903  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0042  tRNA-Met  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0050  tRNA-Met  84.93 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000143302  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000322774  normal  0.330331 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0001  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.432405  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0002  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.823848  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0078  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0983896 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Met-2  tRNA-Met  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000219086  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0040  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.836815 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0015  tRNA-Met  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000125426  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.483727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0029  tRNA-Met  82.67 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0012  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000647679  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>