98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0023 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0025  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00179903  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0023  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.909867  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0001  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.432405  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0002  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.823848  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0056  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0054  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00592499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0011  tRNA-Asn  92.54 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000022551  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0013  tRNA-Asn  94.64 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0048  tRNA-Asn  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00987914  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0027  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000583067  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0028  tRNA-Asn  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000204522  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0024  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0077  tRNA-Asn  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0076  tRNA-Asn  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0034  tRNA-Asn  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0033  tRNA-Asn  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344077 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0645  tRNA-Asn  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.482524  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0051  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0051  tRNA-Asn  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0020  tRNA-Asn  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000529068  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0028  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.718999  normal  0.480249 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0004  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.483727  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000274648  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.836815 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0058  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0740  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0036  tRNA-Asn  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0922112  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0046  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0010  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0008  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.410755  normal  0.517805 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0056  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0003  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.7715 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0042  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000217777  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000322774  normal  0.330331 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000753452  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>