93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_tRNA27 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6037  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.018397  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  90.77 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0015  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325787  normal  0.15681 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4572  tRNA-Met  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0074  tRNA-Met  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224698  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0050  tRNA-Met  84.93 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000143302  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0021  tRNA-Met  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0114234  normal  0.0173767 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  85.51 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0001  tRNA-Met  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.103849  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0051  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0037  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000296875  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0051  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0042  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00104158  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0042  tRNA-Trp  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101752  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0020  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0013  tRNA-Asn  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00468588  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>