52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0063 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4572  tRNA-Met  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  95 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0009  tRNA-Met  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.349151  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0074  tRNA-Met  89.13 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224698  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0015  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325787  normal  0.15681 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6037  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.018397  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0032  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.275296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0031  tRNA-Ile  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0034  tRNA-Met  86.96 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.029342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0040  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000293258  hitchhiker  0.00175254 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0060  tRNA-Met  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.203868  normal  0.918224 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>