112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_R0045 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0015  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325787  normal  0.15681 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6037  tRNA-Met  89.61 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.018397  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  90.28 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4572  tRNA-Met  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  92.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt025  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000274648  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0740  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  85.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  85.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  87.72 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0003  tRNA-Trp  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000322774  normal  0.330331 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  96.43 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.836815 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.933511 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0023  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.909867  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0025  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00179903  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0001  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.432405  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0002  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.823848  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.483727  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0040  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000123102  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0046  tRNA-Trp  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0033  tRNA-Met  84.48 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0007  tRNA-Trp  96.15 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000145435  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0065  tRNA-Trp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0927155  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  96.15 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  100 
 
 
78 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0068  tRNA-Trp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.865421  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  100 
 
 
78 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0069  tRNA-Trp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0871425  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  100 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  86 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>