53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4572 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4572  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0033  tRNA-Met  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0015  tRNA-Met  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.012371 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1116  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.493252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4779  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0015  tRNA-Met  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000125426  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Met-2  tRNA-Met  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000219086  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_641  tRNA-Met  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000945354  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0049  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.404758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>