75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0052 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  93.85 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6037  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.018397  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0015  tRNA-Met  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325787  normal  0.15681 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4572  tRNA-Met  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  85.51 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0101  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>