116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6037 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_R0015  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325787  normal  0.15681 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6037  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.018397  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0027  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.443225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  84.72 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  88.61 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0013  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  84.42 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0048  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000330801  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0003  tRNA-Met  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.879602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0017  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0599655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0028  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.897252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0038  tRNA-Ile  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00492352  normal  0.805671 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0004  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000076362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0102  tRNA-Met  83.87 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000510016  normal  0.102262 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0011  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0044  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000172694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0009  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0004  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00301418 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0009  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.425741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0004  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>