206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_R0023 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0041  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.458673  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0014  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000717707 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0028  tRNA-Lys  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000473663  hitchhiker  0.000687264 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0042  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447058  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Met-2  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.593397  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0037  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0017  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0607  tRNA-Met  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0443  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1749  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0016  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000174645  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0019  tRNA-Met  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000626399  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2266  tRNA-Met  90.48 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.507582  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0033  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507086  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2151  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0974821  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1228  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0048  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0043  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0523959 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0012  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.178155  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0010  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0077  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00426255  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0034  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.139081 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0022  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.164411  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0024  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4228  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000102748  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0040  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0033  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.140057 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0063  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000215806  hitchhiker  0.00000333382 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt016  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4230  tRNA-Val  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000689927  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0075  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00433017  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0660  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.834568  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4229  tRNA-Val  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000067821  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0095  tRNA-Ile  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4668  tRNA-Val  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314949  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2581  tRNA-Val  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0567199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0639  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.000292173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0076  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00448767  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2580  tRNA-Val  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0938444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2149  tRNA-Val  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000169486  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0004  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177492  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2379  tRNA-Val  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000292558  hitchhiker  0.00911124 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28190  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.018303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0024  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00268867  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0568  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>