More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0030 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08480  tRNA-Lys  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0822339  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0061  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0015  tRNA-Asn  94.12 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00550312  hitchhiker  0.000000644628 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0056  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0016  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0056  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t36  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0050  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0036  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0018  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.780391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0051  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.106867  normal  0.0466921 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0015  tRNA-Lys  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.424743  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  95 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  95 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  95 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0010  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0550905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>