248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_R0012 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_R0012  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0047  tRNA-Lys  98.67 
 
 
76 bp  141  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.500835  normal  0.0267795 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0055  tRNA-Lys  98.67 
 
 
76 bp  141  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0054  tRNA-Lys  95.95 
 
 
76 bp  123  6e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33730  tRNA-Lys  94.67 
 
 
76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06840  tRNA-Lys  93.33 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0016  tRNA-Lys  93.33 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0059  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  103  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  90.41 
 
 
73 bp  89.7  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0061  tRNA-Lys  94.64 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  89.33 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  89.33 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0056  tRNA-Lys  92.06 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.240873  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0052  tRNA-Lys  89.04 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00451964  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01680  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0027  tRNA-Lys  88 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0211133  hitchhiker  0.000000873105 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  97.62 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  97.62 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  97.62 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0011  tRNA-Lys  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0021  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24780  tRNA-Lys  91.07 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.190914  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0020  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.405575 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0060  tRNA-Lys  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.260186  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0046  tRNA-Lys  92.31 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0640461  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0030  tRNA-Lys  92.16 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.480252  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0021  tRNA-Lys  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0163136  normal  0.708975 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0010  tRNA-Lys  93.33 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00461477  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  90.38 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0048  tRNA-Lys  89.06 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  90.2 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  90.2 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0033  tRNA-Lys  86.49 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0010  tRNA-Lys  86.36 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0550905 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0004  tRNA-Lys  87.93 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37540  tRNA-Lys  85.29 
 
 
76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0863573  normal  0.917187 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  88.46 
 
 
73 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0024  tRNA-Leu  90.38 
 
 
74 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.304311  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0029  tRNA-Lys  92.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000384489  normal  0.924155 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0046  tRNA-Lys  92.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  87.27 
 
 
73 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0015  tRNA-Lys  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0047  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.787632  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  94.29 
 
 
73 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0082  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000538289  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0036  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0056  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  88.24 
 
 
73 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0011  tRNA-Trp  88.24 
 
 
73 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.998721  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  87.27 
 
 
78 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0030  tRNA-Lys  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.981752  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0043  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465009  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0320395 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0010  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0050  tRNA-Lys  94.12 
 
 
73 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0062  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.209249  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0050  tRNA-Lys  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  90 
 
 
77 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>