52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0048 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0048  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0027  tRNA-Lys  92.19 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0211133  hitchhiker  0.000000873105 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06840  tRNA-Lys  92.19 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37540  tRNA-Lys  93.1 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0863573  normal  0.917187 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0020  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.454268  normal  0.255497 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0009  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.66226  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0011  tRNA-Lys  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0012  tRNA-Lys  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0054  tRNA-Lys  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0046  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0029  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000384489  normal  0.924155 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0060  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.260186  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0055  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0047  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.787632  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0047  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.500835  normal  0.0267795 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0017  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.303738  normal  0.0470778 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.513289  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0084  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0012  tRNA-Met  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0026  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.163788  normal  0.234084 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1355  tRNA-Lys  86.15 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0077651 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0015  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.424743  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0021  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0016  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000514764  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33730  tRNA-Lys  85.94 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0010  tRNA-Met  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.538591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0023  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.299591  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_722  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.489322  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0005  tRNA-Lys  88.37 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0004  tRNA-Lys  88.37 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0763324 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0004  tRNA-Lys  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21987  normal  0.244967 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0039  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0153762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0038  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0168892  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0037  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00809358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0036  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0360191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0035  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0379309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2130  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2420  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0037  tRNA-Lys  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0056  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.240873  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>