156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0056 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_R0056  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.240873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0052  tRNA-Lys  98.59 
 
 		 73 bp  133  6e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00451964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0016  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0050  tRNA-Lys  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0012  tRNA-Lys  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0021  tRNA-Lys  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.682911  normal  0.0277835 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0010  tRNA-Lys  90.62 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0550905 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0071  tRNA-Lys  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.641081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06840  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0055  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0047  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.500835  normal  0.0267795 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0054  tRNA-Lys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33730  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0104  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0062  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.100557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0063  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.109202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0025  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0001  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0002  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0059  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0020  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.349925 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0061  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0022  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0043  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0814782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0004  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0021  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0029  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000384489  normal  0.924155 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0046  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0011  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0056  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  91.49 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0016  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000514764  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0050  tRNA-Lys  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.016026  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0048  tRNA-Lys  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000334788 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0078  tRNA-Lys  86.15 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0060  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.260186  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0061  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0035  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.941173 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0033  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0043  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.438786  normal  0.486369 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37540  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0863573  normal  0.917187 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0044  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0023  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.35633 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0027  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000466235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0041  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000273116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0028  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0043  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00393457  normal  0.467977 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0025  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0047  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0017  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.303738  normal  0.0470778 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0082  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000538289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0026  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01680  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0064  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0027  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0211133  hitchhiker  0.000000873105 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0056  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0039  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.767865  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0030  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.186528  normal  0.069463 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0058  tRNA-Lys  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0025  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.48259e-19 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0047  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479856  normal  0.63722 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0048  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0049  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.666985 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0050  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0024  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0077208  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0025  tRNA-Asn  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0043  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.465009  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0320395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0010  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0069  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.989789  normal  0.0574116 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0065  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.522927  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>