299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0009 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0014  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.554112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  93.42 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0022  tRNA-Lys  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0015  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0792154  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0078  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0983786 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0031  tRNA-Lys  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.640405  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24920  tRNA-Lys  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.952959 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0015  tRNA-Lys  93.06 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.42027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0030  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0028  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0027  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0025  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.949692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0026  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0060  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00479449  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0061  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00229063  normal  0.168783 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0022  tRNA-Lys  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.462625  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0021  tRNA-Lys  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24910  tRNA-Lys  91.89 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.948003 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0048  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.514987  normal  0.0153683 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0061  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  89.19 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0062  tRNA-Lys  91.3 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0030  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.455261  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0029  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.379837  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0063  tRNA-Lys  93.22 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.538601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0037  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.663839  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0044  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0696319 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  97.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0453  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000219585  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5833  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00233495  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0856  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5653  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000242267  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4987  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5728  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000897911  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0194  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000250761  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000772108  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-6  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000899771  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000316756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000712241  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0097  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5654  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664356  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0781  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.66086e-30 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5576  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5317200000000003e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5018  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00214823  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0045  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0379079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5635  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.112483  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0173  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0567172 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>