More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0016 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0196539  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0053  tRNA-Lys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.404904  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0001  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.46268e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0003  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.8235300000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  96.36 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0017  tRNA-Lys  90.54 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.674136 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0037  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0220661  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0044  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00224472  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0012  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017213  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0022  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0005  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000194874  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0026  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000388812  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0014  tRNA-Asn  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000102189  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0012  tRNA-Asn  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0193  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0452  tRNA-Asn  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1563  tRNA-Asn  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1796  tRNA-Asn  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.3013000000000006e-24 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1802  tRNA-Asn  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000154266 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0407  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000764097  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0408  tRNA-Asn  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000233964  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0010  tRNA-Lys  87.84 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00461477  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  91.38 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2185  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0028  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2181  tRNA-Lys  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0042  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0043  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0503955 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4329  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0036  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127196  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0001  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000658326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0051  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111029  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0093  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.8722200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_778  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0048  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000535943  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000645959  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000772108  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000045502  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0096  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000250387  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0084  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00872406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1581  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1616  tRNA-Lys  97.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.620085 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0005  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0453  tRNA-Lys  94.87 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000219585  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>