298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_R0035 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0035    100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00887484  normal  0.0895527 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0029  tRNA-Lys  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.686339  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0036  tRNA-Lys  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0286926  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0035  tRNA-Lys  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0289438  normal  0.257931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0044  tRNA-Lys  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243599  hitchhiker  0.00307567 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0019  tRNA-Lys  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA22  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140945  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0056  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0068  tRNA-Lys  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2517  tRNA-Lys  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00884396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2527  tRNA-Lys  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2528  tRNA-Lys  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112701  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0071  tRNA-Lys  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0090  tRNA-Lys  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2221  tRNA-Lys  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2231  tRNA-Lys  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2232  tRNA-Lys  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210068  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5728  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000897911  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5670  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000995233  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5018  tRNA-Lys  90.91 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00214823  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0097  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5654  tRNA-Lys  90.91 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664356  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0096  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000250387  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0173  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0567172 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5653  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000242267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5662  tRNA-Lys  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000864801  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5690  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5635  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.112483  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5656  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000763421  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000772108  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.30826e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-6  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000899771  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000316756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000759811  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525379  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  90.91 
 
 
79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000712241  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5803  tRNA-Lys  90.91 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0081474  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0297  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000294732  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000045502  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0048  tRNA-Lys  90.91 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000535943  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0194  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000250761  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4987  tRNA-Lys  90.91 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0275  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5576  tRNA-Lys  90.91 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5317200000000003e-28 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0781  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.66086e-30 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5833  tRNA-Lys  90.91 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00233495  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0856  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  88.71 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0008  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  89.47 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  90.57 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  86.96 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0049  tRNA-Asn  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000433504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0050  tRNA-Asn  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000354715  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0051  tRNA-Asn  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.000000000442391  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  90.2 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>