More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0028 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0028  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0029  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.781659  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000645959  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0073  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0060  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398642  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0060  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0073  tRNA-Lys  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0058  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.314069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0060  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.268431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA22  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0552  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146239  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0056  tRNA-Lys  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0019  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00557202  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_778  tRNA-Lys  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0003  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.8235300000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0011  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000213973  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0066  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00163637  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0011  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000344573  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5635  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.112483  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0033  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5653  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000242267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5662  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000864801  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5690  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5576  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5317200000000003e-28 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000772108  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.30826e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-6  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000899771  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000316756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000759811  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525379  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000712241  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0173  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0567172 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5018  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00214823  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0077  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5654  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664356  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000045502  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0096  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000250387  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0048  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000535943  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0097  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0275  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0194  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000250761  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5656  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000763421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5670  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000995233  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0016  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0047  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000113586  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0297  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000294732  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5803  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0081474  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0028  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5833  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00233495  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5728  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000897911  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0856  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0059  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4987  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0781  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.66086e-30 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0006  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.303657  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1581  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1616  tRNA-Lys  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.620085 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>