299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_03880 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35030  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.838574  normal  0.836072 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0047  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.596916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0016  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0001  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04020  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.730789  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1579  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1614  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.614815 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0001  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000737901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>