211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0038 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 72 bp  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0050  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0330794  normal  0.0472699 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0025  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000025626  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0020  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.789057  hitchhiker  0.000213663 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0039  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0040  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0014  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000187798  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28780  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.140061 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0031  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.303398  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0014  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044253  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0016  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.669511  normal  0.713856 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3670  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1733  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0024  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.387948 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0013  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0049  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2972  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0046  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.567197 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0056  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.220185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0016  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000863002  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0015  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3261  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1810  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3645  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3702  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2743  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0016  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00244932  hitchhiker  0.00000298756 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0032  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.386226  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0007  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0046  tRNA-Thr  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871205  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0054  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08800  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0702581  normal  0.0577684 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2437  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2439  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2442  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2941  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.161896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2147  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2149  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2152  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2624  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0026  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000756326  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0023  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.75812  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0037  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000315288  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0011  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000646692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>