114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_R0135 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_R0141  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00232513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0135  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.512997 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna084  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03630  tRNA-Leu  91.46 
 
 		 82 bp  107  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2079  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000217449  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  95.6  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0062  tRNA-Leu  92.65 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000163456  normal  0.0301786 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0066  tRNA-Leu  92.65 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0822521 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0029  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000207645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0035  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000157921  normal  0.648742 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0074  tRNA-Leu  95.45 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.300067  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0026  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0364894  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0023  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.514859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0023  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618598  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0032  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00145476  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0065  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239453  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0033  tRNA-Leu  86.15 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44508 
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t19  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39518  normal  0.0378684 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t19  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.207136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA20  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R73  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0030  tRNA-Leu  83.95 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129052 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  83.95 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0030  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.624579  normal  0.3525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0034  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159926  normal  0.424933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0069  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000612971 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3117t  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000600261  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t094  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0074  tRNA-Leu  85.19 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0128  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000373913 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0028  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  90 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t092  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna121  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000362621  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.551474  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0125  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104989  normal  0.132999 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0125  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000725635  normal  0.695646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0088  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0049  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.511085 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05676  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0057  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14570  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0016  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0063  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60280  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1288  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0003  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.425813  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0007  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0001  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.10172  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000786823  normal  0.701139 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0046  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00313005  normal  0.455942 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNALeuVIMSS1309291  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.932316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0092  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  hitchhiker  0.00311227 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0126  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000177569  hitchhiker  0.000589421 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0097  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00291097  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0100  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00215722  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0102  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00398757  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0104  tRNA-Leu  89.47 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.654182  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>