134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0021 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.97423e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0040  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.639768  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.9705100000000005e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0032  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209696  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00127498 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0089  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.846262  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277294  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.7809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0068  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0060  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0064  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000599691  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0029  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0049  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0013  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt42  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt42  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.5451e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0048  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.496608  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0786  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0057  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000344559  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0056  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000684765  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0026  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000721197  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4275  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4050  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00460724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0053  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0148757  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0047  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0661165  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00058  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293441  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00083  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0082  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.806101  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0028  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0046  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0026  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  4.44875e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0016  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000443572  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0014  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0017  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00691517 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0024  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.622642  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  87.23 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.398541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0020  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00905739 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4872  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0248766 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0041  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.272755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0047  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40219  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0040  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0108  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.425396  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0015  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0279286 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5788  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0370957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0544  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4726  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0202862  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5112  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00828021  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4772  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.193191  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0035  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.671862 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0027  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000640555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0082  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1619  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0724475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0097  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.138568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4752  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0075  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4955  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.2776  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3551  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4835  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.80579 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4891  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.762047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4742  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.101402 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  96.15 
 
 		 98 bp  44.1  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>