196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP_tRNA-Leu-2 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  167  5e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0037  tRNA-Leu  94.05 
 
 
84 bp  127  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.53557  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0037  tRNA-Leu  94.05 
 
 
84 bp  127  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254346  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5685  tRNA-Leu  86.9 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0253862  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0539  tRNA-Leu  86.9 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.1762e-32 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  86.9 
 
 
88 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0139489  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5720  tRNA-Leu  86.9 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0030165  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  86.9 
 
 
88 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.285186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  86.9 
 
 
88 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0731155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  86.9 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000183517  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0092  tRNA-Leu  86.9 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0257309  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0614  tRNA-Leu  86.9 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114881  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4763  tRNA-Leu  86.9 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000114047  hitchhiker  8.87707e-17 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0088  tRNA-Leu  86.9 
 
 
82 bp  73.8  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000578274  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0068  tRNA-Leu  95.35 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95.24 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.926343  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  95.24 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0923  tRNA-Leu  95.24 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.536806  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0342  tRNA-Leu  95.24 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0000180418  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1826  tRNA-Leu  95.24 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0770731  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  95.24 
 
 
84 bp  67.9  0.0000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0035  tRNA-Leu  97.14 
 
 
85 bp  61.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0116121 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t39  tRNA-Leu  85.71 
 
 
82 bp  60  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.233043  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0014  tRNA-Leu  85.71 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0018  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  60  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000485581  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1876  tRNA-Leu  85.71 
 
 
87 bp  60  0.00000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0009  tRNA-Leu  85.71 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.763492  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0102  tRNA-Leu  92.68 
 
 
83 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0052  tRNA-Leu  92.68 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  94.59 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0035  tRNA-Leu  92.68 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.243975  normal  0.0115468 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0021  tRNA-Leu  94.59 
 
 
84 bp  58  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0023  tRNA-Leu  94.44 
 
 
89 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0047  tRNA-Leu  94.44 
 
 
89 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0071  tRNA-Leu  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.584885  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0022  tRNA-Leu  90.91 
 
 
87 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.35191  normal  0.518198 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0031  tRNA-Leu  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2563  tRNA-Leu  85.29 
 
 
84 bp  56  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1154  tRNA-Leu  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0019  tRNA-Leu  94.44 
 
 
90 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.123367  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0038  tRNA-Leu  94.44 
 
 
88 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0862  tRNA-Leu  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0047  tRNA-Leu  94.29 
 
 
90 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0661165  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0020  tRNA-Leu  92.31 
 
 
89 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t29  tRNA-Leu  92.31 
 
 
86 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000148867  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1590  tRNA-Leu  92.31 
 
 
84 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.154762  normal  0.774176 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0019  tRNA-Leu  92.31 
 
 
89 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.800017  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0069  tRNA-Leu  90.48 
 
 
86 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00338367  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt12  tRNA-Leu  90.48 
 
 
87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt12  tRNA-Leu  90.48 
 
 
87 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0019  tRNA-Leu  90.48 
 
 
86 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0018  tRNA-Leu  92.11 
 
 
86 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.167819  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0026  tRNA-Leu  92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.247639  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0079  tRNA-Leu  90.48 
 
 
86 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0039  tRNA-Leu  94.12 
 
 
82 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.304437  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0022  tRNA-Leu  90.48 
 
 
86 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309090  tRNA-Leu  92.11 
 
 
86 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309141  tRNA-Leu  92.11 
 
 
86 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.616897  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309164  tRNA-Leu  92.11 
 
 
86 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0037  tRNA-Leu  94.12 
 
 
82 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000248476 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0031  tRNA-Leu  90.48 
 
 
86 bp  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0058  tRNA-Leu  90.48 
 
 
89 bp  52  0.00002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000059003  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0103  tRNA-Leu  90.48 
 
 
86 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.937736  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0043  tRNA-Leu  90.48 
 
 
88 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0017  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0381951  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0027  tRNA-Leu  90.24 
 
 
83 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.130394  normal  0.143761 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0038  tRNA-Leu  84.06 
 
 
84 bp  50.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0582  tRNA-Leu  90.24 
 
 
89 bp  50.1  0.00008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.604071  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1580  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1615  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.622416 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  91.89 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0034  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00470609  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t19  tRNA-Leu  91.67 
 
 
88 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.663067  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1633  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.372837  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03410  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.706698 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1372  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.169608  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0039  tRNA-Leu  90 
 
 
83 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.20505  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26300  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0040  tRNA-Leu  91.67 
 
 
88 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0029  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0171739  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0024  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.847907  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0030  tRNA-Leu  90 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0024  tRNA-Leu  91.67 
 
 
88 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0008  tRNA-Leu  91.67 
 
 
88 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0044  tRNA-Leu  82.14 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00021807  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0046  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0020  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391016  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0027  tRNA-Leu  96.43 
 
 
90 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000345665  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0062  tRNA-Leu  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5729  tRNA-Leu  100 
 
 
81 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000506844  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000254003  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  100 
 
 
84 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000129423  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.318863  normal  0.56109 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.446366  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0026  tRNA-Leu  100 
 
 
81 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000829114  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0175  tRNA-Leu  100 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>