96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0071 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_R0071  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.690951  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0031  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.926824 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4321  tRNA-Leu  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0012  tRNA-Leu  90.7 
 
 
85 bp  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6036  tRNA-Leu  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.510432 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  89.53 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0023  tRNA-Leu  85.88 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.184177  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0049  tRNA-Leu  86.05 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.623993  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0061  tRNA-Leu  86.05 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.730488  normal  0.489102 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0044  tRNA-Leu  86.36 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.257347  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0053  tRNA-Leu  86.05 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0708883  normal  0.752679 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna42  tRNA-Leu  86.36 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0051  tRNA-Leu  86.05 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.751283  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0016  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57692  normal  0.238964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0069  tRNA-Leu  85.51 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000202771  hitchhiker  0.000000827914 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  96.77 
 
 
85 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  96.77 
 
 
85 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA41  tRNA-Leu  96.77 
 
 
85 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0905521  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  96.77 
 
 
85 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0012  tRNA-Leu  92.31 
 
 
84 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.243328 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  96.77 
 
 
85 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    96.77 
 
 
85 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08460  tRNA-Leu  100 
 
 
81 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0705236  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0081  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0304834 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0554879  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  96.67 
 
 
85 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0048  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0975994 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0092  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.32054  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2346  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0017  tRNA-Leu  82.35 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.137168  normal  0.352813 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1247  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.872872  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2388  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.519883  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0021  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0535721 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0035  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.443555  hitchhiker  0.0011372 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0035  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.331877  hitchhiker  0.00233917 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0051  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0075209  normal  0.504516 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0043  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.025828 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0051  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.361468  hitchhiker  0.00416301 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138946  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0021  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.144859  normal  0.471234 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0017  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.347732  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0022  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0025  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.132297  normal  0.209778 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0039  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.56181 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0050  tRNA-Leu  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00212894 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0049  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3331  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0502824  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0022  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142983  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0038  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667978  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0022  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.210524  normal  0.0833879 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0099  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0012  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0052  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0129877  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3345  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0059  tRNA-Leu  91.89 
 
 
84 bp  50.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2501  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0051  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0014  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.582798  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0049  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000776384 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0014  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.306064  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0015  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20772  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1974  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232762  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0055  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97975  normal  0.23732 
 
 
-
 
NC_003295  RS03938  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0036  tRNA-Leu  91.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0423959 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0041  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27716  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  84.38 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0021  tRNA-Leu  96.43 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0029  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  84.38 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0025  tRNA-Leu  91.67 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.426902  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  89.74 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0019  tRNA-Leu  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0016  tRNA-Leu  93.55 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0015  tRNA-Leu  93.55 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.418759  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  89.74 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  89.74 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  89.74 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  89.74 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0023  tRNA-Leu  96.3 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473121  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0058  tRNA-Leu  96.3 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.555666  normal  0.0187408 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0017  tRNA-Leu  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0037  tRNA-Leu  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0022  tRNA-Leu  96.15 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000969844  normal  0.805987 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0552  tRNA-Leu  93.33 
 
 
83 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0183595  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0035  tRNA-Leu  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0051  tRNA-Leu  96.15 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.183194  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0030  tRNA-Leu  96.15 
 
 
82 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.931427  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0028  tRNA-Leu  93.33 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0058  tRNA-Leu  93.33 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0724128 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0046  tRNA-Leu  96.15 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.672232 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0002  tRNA-Leu  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.164011  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0032  tRNA-Leu  96.15 
 
 
87 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>