More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0003 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt10  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0991  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0026  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.344693  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0038  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5666  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0063  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4554  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232899  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5665  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 89 bp  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60600  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 84 bp  95.6  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65210  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 84 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65220  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 84 bp  95.6  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60590  tRNA-Leu  89.29 
 
 		 84 bp  95.6  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0038  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0063  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0200123  decreased coverage  0.00662363 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0065  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0017  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0031  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000068537  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t101  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000108227  normal  0.0525224 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t102  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000565255  normal  0.0522725 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0018  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000477494  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0037  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000758461  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0019  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000288253  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0072  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0038  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000116483  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0020  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000559714  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0030  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000421149  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0019  tRNA-Leu  90.14 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000052132  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0109  tRNA-Leu  91.8 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0016  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0038  tRNA-Leu  90.62 
 
 		 84 bp  79.8  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.518848  normal  0.0114921 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0051  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 84 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000888669  normal  0.130057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0052  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 84 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000145228  normal  0.134982 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0053  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 84 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000187871  normal  0.436888 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0057  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 84 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  97.5 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1797  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0101943  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0065  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0064  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0114  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000507523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0115  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000617042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0116  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000605534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0002  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0422651  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>