295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0009 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0009  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0035  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0002  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.164011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0037  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0034  tRNA-Leu  94.25 
 
 		 87 bp  133  6.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.566958 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6043  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.768445  normal  0.843688 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0009  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.553252  normal  0.0230597 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4338  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162299  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0052  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0037  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.477957  normal  0.0356548 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0013  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0030  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0047  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  119  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.899585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0014  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0110996  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1044  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  119  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.255738  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0019  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  119  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0000161496  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4568  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.666254  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0039  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.419334  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0030  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.299812  normal  0.066505 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t19  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 82 bp  113  7.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t20  tRNA-Leu  92.86 
 
 		 82 bp  113  7.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178087  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0645  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 85 bp  111  3e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.282647  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0004  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 86 bp  101  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.549944  normal  0.0458093 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0041  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 86 bp  101  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0036  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0036  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.247967  decreased coverage  0.00943738 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0010  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11760  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.764156  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  85.23 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  85.92 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0160  tRNA-Leu  91.49 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0258592  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0067  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000720864  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0049  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000122389  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0004  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.129174  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0103  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309179  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.227033  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0072  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000217176  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0072  tRNA-Leu  84.52 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000050044  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309087  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309138  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0052  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0129877  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1519  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000428065  normal  0.832242 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0050  tRNA-Leu  83.91 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000589808  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0026  tRNA-Leu  87.76 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000243318 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0003  tRNA-Leu  83.52 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0002  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0046  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  84.06 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1890  tRNA-Leu  87.76 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNALeuVIMSS1309143  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00711  hypothetical protein  96.55 
 
 		 1389 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0271557  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNALeuVIMSS1309067  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.086825  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNALeuVIMSS1309118  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.253847  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA39  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.220768 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0004  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0990268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0095  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.281966  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t72  tRNA-Leu  90 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0449352  hitchhiker  0.00732029 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0037  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.17364  normal  0.432753 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0097  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5671  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000115086  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5663  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000889486  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t57  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610285  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.3138200000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000162179  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA64  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.775663 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1772  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000047284  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0032    100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.333089  normal  0.311216 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R18  tRNA-Leu  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000104316  normal  0.0469264 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000815391  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1768  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000175454  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362907  normal  0.790334 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0750  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0050  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000197413  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0047  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.279454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.986583  normal  0.610194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0052  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.888943  normal  0.34403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0024  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0705568 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0035  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0008  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.429157  normal  0.0709893 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1764  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000024558  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0037  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.507669  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0298  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000067681  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0057  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.279564 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5045  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000280343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0004  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00803834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0276  tRNA-Leu  83.33 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>