244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0058 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0058  tRNA-Leu  100 
 
 
89 bp  176  6e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000059003  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 
86 bp  170  4e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0057  tRNA-Leu  95.4 
 
 
89 bp  141  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.583439  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0057  tRNA-Leu  95.4 
 
 
89 bp  141  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  7.999999999999999e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000637838  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  7.999999999999999e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0013  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  7.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000293316  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0013  tRNA-Leu  94.25 
 
 
89 bp  133  7.999999999999999e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000427747  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1577  tRNA-Leu  93.02 
 
 
86 bp  123  7e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1612  tRNA-Leu  93.02 
 
 
86 bp  123  7e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1224  tRNA-Leu  93.51 
 
 
84 bp  97.6  4e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0795794  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0079  tRNA-Leu  88.37 
 
 
86 bp  91.7  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  89.53 
 
 
85 bp  91.7  3e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  89.53 
 
 
85 bp  91.7  3e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0596776  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0103  tRNA-Leu  88.37 
 
 
86 bp  91.7  3e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.937736  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0019  tRNA-Leu  88.37 
 
 
86 bp  91.7  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0022  tRNA-Leu  88.37 
 
 
86 bp  91.7  3e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0069  tRNA-Leu  88.37 
 
 
86 bp  91.7  3e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00338367  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0011  tRNA-Leu  97.92 
 
 
89 bp  87.7  4e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5029  tRNA-Leu  87.36 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000533026  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5693  tRNA-Leu  87.36 
 
 
89 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000772735  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5727  tRNA-Leu  87.36 
 
 
89 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000902982  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0103  tRNA-Leu  87.36 
 
 
89 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000553911  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0859  tRNA-Leu  87.36 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000493478  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  87.36 
 
 
92 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00102421  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-2  tRNA-Leu  87.36 
 
 
92 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000281686  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0100  tRNA-Leu  87.36 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00161932  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  87.36 
 
 
92 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.556513  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  87.36 
 
 
92 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-7  tRNA-Leu  87.36 
 
 
92 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000595442  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5638  tRNA-Leu  87.36 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.114187  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  87.36 
 
 
92 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000721047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  87.36 
 
 
92 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000205761  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0784  tRNA-Leu  87.36 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.40314e-31 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4998  tRNA-Leu  87.36 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0217  tRNA-Leu  87.36 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000698181  normal 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  87.36 
 
 
89 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000754212  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  87.36 
 
 
89 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000609501  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0023  tRNA-Leu  87.36 
 
 
89 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0238053  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5731  tRNA-Leu  87.36 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000102685  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5814  tRNA-Leu  87.36 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000499245  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4572  tRNA-Leu  87.36 
 
 
91 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000682737  normal  0.11126 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0138  tRNA-Leu  87.36 
 
 
89 bp  85.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00946878  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0029  tRNA-Leu  97.83 
 
 
86 bp  83.8  0.000000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00602273  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0178  tRNA-Leu  97.83 
 
 
86 bp  83.8  0.000000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0044  tRNA-Leu  97.78 
 
 
87 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000167859  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2169  tRNA-Leu  97.78 
 
 
86 bp  81.8  0.00000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00848562  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0134  tRNA-Leu  95.83 
 
 
89 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000233042  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0099  tRNA-Leu  95.83 
 
 
89 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000225744  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0023  tRNA-Leu  95.83 
 
 
89 bp  79.8  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0106967  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0047  tRNA-Leu  95.74 
 
 
90 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00091084  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0036  tRNA-Leu  95.74 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0022  tRNA-Leu  95.74 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000621595  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0024  tRNA-Leu  95.74 
 
 
90 bp  77.8  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000298281  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0027  tRNA-Leu  89.87 
 
 
84 bp  77.8  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0171  tRNA-Leu  89.87 
 
 
84 bp  77.8  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.661922  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0077  tRNA-Leu  95.65 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0679  tRNA-Leu  97.62 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2796  tRNA-Leu  97.62 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000000297688  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0677  tRNA-Leu  97.62 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2482  tRNA-Leu  97.62 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00028015  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0075  tRNA-Leu  97.56 
 
 
89 bp  73.8  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000629352  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0026  tRNA-Leu  95.45 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2790  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000401538  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2793  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000950853  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2476  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00963424  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2479  tRNA-Leu  97.5 
 
 
89 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100128  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0047  tRNA-Leu  95.24 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0034  tRNA-Leu  95.24 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0047  tRNA-Leu  95.24 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0051  tRNA-Leu  88.73 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0047  tRNA-Leu  94.87 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0194544  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  92.86 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000696773  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0039  tRNA-Leu  91.3 
 
 
83 bp  60  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.20505  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1225  tRNA-Leu  92.86 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000848373  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0060  tRNA-Leu  92.86 
 
 
92 bp  60  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.118577 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0043  tRNA-Leu  92.86 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000021552  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0036  tRNA-Leu  94.74 
 
 
89 bp  60  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0017  tRNA-Leu  92.86 
 
 
89 bp  60  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000565003  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0013  tRNA-Leu  92.86 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.111506  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0032  tRNA-Leu  92.86 
 
 
89 bp  60  0.00000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000393185  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0016  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  58  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000907276  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03930  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.323801 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0007  tRNA-Leu  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.90958 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0046  tRNA-Leu  92.31 
 
 
88 bp  54  0.000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000531396  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0032  tRNA-Leu  92.31 
 
 
88 bp  54  0.000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00166696  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0071  tRNA-Leu  90.48 
 
 
87 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.914369  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0057  tRNA-Leu  94.12 
 
 
87 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000529794  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0924  tRNA-Leu  92.11 
 
 
88 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1031  tRNA-Leu  92.11 
 
 
88 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0001  tRNA-Leu  92.11 
 
 
86 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.761083  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0032  tRNA-Leu  96.67 
 
 
83 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000109128  hitchhiker  0.00302249 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0045  tRNA-Leu  90.48 
 
 
87 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0018  tRNA-Leu  90.48 
 
 
85 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0049  tRNA-Leu  90.48 
 
 
88 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.16871  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0037  tRNA-Leu  90.48 
 
 
84 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.53557  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0786  tRNA-Leu  92.11 
 
 
89 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0094  tRNA-Leu  90.48 
 
 
84 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0020  tRNA-Leu  92.11 
 
 
89 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.020101  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0015  tRNA-Leu  92.11 
 
 
89 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>